Die Äquationsuhr Jost Bürgis ist neben der Wilhelmsuhr die komplexeste astronomische Kunstuhr der Sammlung. Ihre Hauptfunktion besteht darin, die Differenz zwischen den mittleren und den wahren Bewegungen von Sonne und Mond anzuzeigen. Vor allem der Mond stellte den Konstrukteur dabei wegen seiner durch Gravitationseinflüsse vielfältig gestörte Bahn vor eine echte Herausforderung. Anders als Baldewein, der auf der Wilhelmsuhr die Bewegung des Mondes nach der klassischen ptolemäischen Bahntheorie nachgebildet hatte, bediente sich Bürgi der kopernikanischen Mondbahntheorie mit einem Doppelepizykel. Die Realisierung dieses komplizierten Zusammenspiels von Kreisen mit unterschiedlichen Umlaufszeiten und Umlaufrichtungen gelang Bürgi durch kunstvoll ineinandergreifende epizyklische und differo-epizyklische Getriebe, er schuf damit die erste derartige Äquationsuhr der Welt.