托马斯·亨特·摩尔根（英語：Thomas Hunt Morgan，1866年9月25日—1945年12月4日），美国遗传学家、现代遗传学之父，约翰霍普金斯大学博士。他在对黑腹果蝇遗传突变的研究中，首次确认了染色体是基因的载体，还找出了多个突变基因在染色体上的分布位置，因此获1933年诺贝尔生理医学奖。此外，他还发现了遗传连锁定律。
Thomas Hunt Morgan (* 25. September 1866 in Lexington, Kentucky; † 4. Dezember 1945 in Pasadena, Kalifornien) war ein US-amerikanischer Zoologe und Genetiker, der durch 1908 bis 1910 durchgeführte Kreuzungsversuche mit der Taufliege Drosophila melanogaster die grundlegende Struktur der Chromosomen aufklärte. Er entdeckte, dass die Gene (Erbanlagen) nacheinander auf den Chromosomen liegen und ermittelte ihre Reihenfolge und Abstände zueinander. Seine Ergebnisse fasste er in Chromosomenkarten (Genkarten) zusammen. Er führte somit die Arbeit von Edmund B. Wilson und Nettie Stevens fort.
1933 erhielt er den Nobelpreis für Medizin. Er gilt als einer der führenden Biologen des ausgehenden 19. und frühen 20. Jahrhunderts. Nach ihm ist die Einheit centiMorgan benannt.