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真菌学（Mycology，源自希腊文μύκης）是研究真菌的学门，探讨真菌的遗传学、生物化学或是分类学，以及真菌对人类的用途等，包括火种、医药（如青霉素）、食物（如蘑菇、奶酪及酒）及宗教致幻剂等，以及它们的危险，如中毒或感染。专门从事真菌学研究的生物学家被称为真菌学家（Mycologist）。
研究植物病害的学门植物病理学是真菌学的分支领域之一，绝大多数的植物病原体皆是真菌。
Mykologie (altgriechisch μύκης mýkēs ‚Pilz‘ und -logie)[1] ist die Wissenschaft von den Pilzen. Zu den Pilzen gehören die Abteilungen Schlauchpilze (Ascomycota), Ständerpilze (Basidiomycota), Jochpilze (Zygomycota), Töpfchenpilze (Chytridiomycota) und Arbuskuläre Mykorrhizapilze (Glomeromycota).
Traditionell befassen sich Mykologen oft auch mit Schleimpilzen (Myxomycota) und Eipilzen (Oomycota), die nach neueren Erkenntnissen jedoch nicht näher mit den Pilzen verwandt sind. Auch die Wissenschaft von den Flechten – die Lichenologie – gehört im weitesten Sinn zur Mykologie, da bei dieser Symbiose der dominierende Part von Pilzen eingenommen wird. In der Mykologie gibt es große Überschneidungen mit der Mikrobiologie, da sehr viele Pilze – zumindest in bestimmten Entwicklungsstadien – zugleich Mikroorganismen sind.
Einer griechischen Sage zufolge gründete der griechische Held Perseus die Stadt Mykene an der Stelle, wo er sich mit Wasser erfrischte, das sich im Hut eines Pilzes (mýkēs) gesammelt hatte.